Home
I ESCUELA INTERNACIONAL DE CATÁLISIS
VII SIMPOSIO COLOMBIANO DE CATÁLISIS
VI SIMPOSIO DE QUÍMICA APLICADA
Índice General

- 1. Introducción a la linea de comandos

- 2. ADF
   - 2.1 Primeros pasos
   - 2.2 Archivos de salida
   - 2.3 Frecuencias
   - 2.4 Fragmentos
   - 2.5 NBO
   - 2.6 MT
   - 2.7 Catálisis
- Gamess

Natural Bond  Orbital  (NBO)

Los orbitales naturales de enlace (NBO por sus siglas en inglés) son orbitales localizados de pocos centros (1 ó 2 centros)  que describen el patrón de enlace molecular tipo Lewis de pares electrónicos (o electrones individuales en el caso de los sistemas abiertos). Más precisamente los orbitales naturales son un juego de orbitales ortonormales localizados con "ocupación máxima" que nos lleva a N/2 orbitales y que da la descripción mas acertada a la descripción de Lewis y sus pares electrónicos.

Para mas información revisar http://www.chem.wisc.edu/~nbo5/web_nbo.htm

2.5.1 Cálculo de NBO

Para realizar un cálculo de NBO en ADF se tienen que tener en cuenta las siguientes consideraciones
 
  • Los nbo's son buenos para descripciones de moléculas orgánicas.
  • Las bases que se utilizan en los cálculos deben ser all electron (lo cual dificulta el trabajo para los metales de transición).
  • La molécula no debe de tener carga y su multiplicidad debe ser singlete.
 
Las instrucciones que se deben añadir al input normal de optimización de geometría son:
 
  • AOMAT2FILE --> convierte la matriz de orbitales atómicos en un archivo
  • FULLSCF         --> Realiza un cálculo completo del SCF
  • FULLFOCK     --> Realiza un cálculo completo de la matriz de Fock
  • TAPE15            --> Archivo necesario para correr el nbo.run
Primero debemos realizar un cálculo normal con las instrucciones de arriba y luego correr el programa nbo.run que viene dentro de las utilerias de adf.
  
Figura 2.5.1

2.5.2 NBO del Etano

Utilizaremos las geometrías del etano que obtuvimos en la sección 2.1.4 , en la carpeta de /adf crearemos una carpeta que se llame nbo y dentro generaremos el archivo etano.adf. Corremos el cálculo.
 
usuario@maquina$  adf <eteno.adf > eteno.out &
 
Una vez finalizado el cálculo copiamos el archivo nbo.run dentro de la carpeta de trabajo y ejecutamos.
 
usuario@maquina$  ./nbo.run > nbo.out &
Figura 2.5.2

2.5.3 Visualización de los orbitales

  • Para visualizar los NBO's le cambiaremos el nombre al archivo TAPE21 por eteno.t21
 
usuario@maquina$  ./nbo.run > nbo.out &
usuario@maquina$  adfview &
 
Con estos pasos podremos visualizar el primer NBO de la molécula de etano como muestra la figura 2.5.3
Figura 2.5.3

LABFAMA